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A提高作物產量、改善作物品質。生物有機肥營養物質釋放緩慢，氮素多以銨根離子或氨基酸形式供給植物，進入植物細胞后無需消耗大量能量，直接參與植物細胞物質的合成，所以，使用生物有機肥后，植物生長快，積累必要的成分和干物質多，農產品質量好。
B提高土壤肥力，改善土壤理化性狀。使用生物有機肥不僅能補充被消耗的有機肥料，而且還能不斷提高土壤有機質含量。有機質經微生物分解后，可縮合成新的腐殖質，與土壤中其他物質結合，形成有機無機復合體，促進土壤中微團粒結構的形成，從而可以協調土壤中水、肥、氣、熱的矛盾，改善土壤結構，使土壤疏松，提高耕性。
C調節微生物區系，改善土壤微生態系統。腐熟的有機肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機肥還含有固氮菌、硅酸鹽細菌、溶磷菌、光合細菌和假單胞菌等一些有益菌，這些微生物除了具有產生大量活性物質的能力外，還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的還具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生態環境的能力。此外，生物有機肥施入土壤后，能夠調節土壤中微生物的區系組成，使土壤中的微生態系統結構發生有益改變。
D活化難溶化合物，提高土壤向供養能力。生物有機肥料中含有固氮微生物，該類微生物可通過其中固氮酶的作用將空氣中的氮還原為可被作物吸收利用的成份，是作物提供氮素營養的一條重要途徑。此外，生物有機肥中還添加了一定數量的溶磷微生物和硅酸鹽細菌，施入土壤后經增殖并與其他土壤微生物協同作用，可分解土壤中某些原次生礦物，并同時將這些礦物所固定的磷、鉀等養分釋放出來，把無效態磷、鉀轉化成可供作物吸收利用的有效態養分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。
E改善土壤生態，減少植物病蟲害的發生。在生物有機肥中含有多種特效菌，在微生物的生長繁殖過程中，能分泌出多種抗生素及植物生長激素，不但能抑制植物病原微生物的活動，起到防治植物病害的作用，而且能刺激作物生長，使其根系發達，促進葉綠素、蛋白質和核酸的合成，提高作物的抗逆性。